В период создания сайта согласовывается каждый блок последовательно (шрифт, анимация, общий дизайн). По необходимости вносятся правки в дизайн, но не в прототип, т.к. прототип согласовывается на первоначальной стадии. Поэтому на момент передачи сайта Вы уже будете иметь представление о том, как он выглядит - его дизайне, расположении разделов, блоков. И в конце работы возможны лишь 1-2 правки, но не кардинальное изменение сайта.

Прототип сайта - это разработка макета будущего сайта на основе изученных референсов - как и какие блоки каждого раздела будут располагаться относительно друг друга, какой контент (тексты, фото, видео) будут присутствовать в том или ином разделе. Согласование основной цветовой гаммы. 
Например, 

1. Обложка сайта - однотонный фон или фоновое фото/видео с определенной фильтрацией. На обложке УТП, определенная форма захвата - форма Pop-Up ("Получить скидку"/ "Заказать"/ "Позвонить")
2. Следующий блок "Услуги" - мини-презентация услуг/товара с формой Pop-Up "Сделать заказ".
3. Следующий блок "О нас" - информация о компании: сколько лет существует, яркие отличительные особенности от конкурентов, чем полезны для потенциальных клиентов.

Контент Вы предоставляете свой - тексты, фото. Если у Вас этого нет, мне необходимо самой прописывать тексты и искать фотонаполнение, соответственно, это плюс 1-2 дня к общему времени работы с сайтом и увеличивается стоимость на 2 000 р. Желательно, чтоб контент Вы предоставляли самостоятельно, т.к. каждый бизнес - это свои особенности и Вы, как никто другой больше знаете о Вашей нише.